В настоящее время на территории Алтайского края располагается 2 ООПТ федерального значения (Тигирекский заповедник и курорт Белокуриха) и 103 ООПТ регионального (краевого) значения (38 государственных природных заказников, 63 памятника природы и природные парки «Ая» и «Предгорье Алтая»). Общая площадь ООПТ Алтайского края составляет 849.1 тыс. га., в том числе заказников 761, 7 тыс. га.
Согласно Схемы развития и размещения, особо охраняемых природных территорий Алтайского края на период до 2025 года (утв. постановлением Администрации края от 12.08.2013 № 418) на территории Шипуновского района расположены четыре ООПТ:
1. Государственный природный комплексный заказник краевого значения "Чарышская степь" (утв. Постановлением Администрации края от 23.04.2013 № 223). Заказник расположен на территории Ельцовского сельсовета, в непосредственной близости от п. Озерки, на стыке с Краснощековским и Курьинским районами края. Территория заказника расположена на правобережье реки Чарыш в зоне, переходной от гор к равнине. Общая площадь заказника составляет 5971 га., из них 4460 га. составляют степи и связанные с ними экосистемы на возвышенной равнине, еще около 500 га.- более или менее остепненные залежи возрастом от 10 до 25 лет на месте некогда распаханных степей.
Заказник предназначен для сохранения природного комплекса разнотравных крупнодерновинных степей, лавротополевых пойменных лесов, мест естественного обитания и воспроизводства животных и растений, в том числе занесенных в Красную книгу Российской Федерации и Красную книгу Алтайского края.
Важнейшей природоохранной особенностью территории является ее особое значение для нескольких видов хищных птиц, занесенных в Красные книги Российской Федерации и Алтайского края. Это пять видов крупных пернатых хищников, прежде всего - степной орел и филин. В общем списке обитающих здесь видов, занесенных в Красные книги находятся беркут, могильник, орлан – белохвост, черный аист, кулик – сорока и другие.
Территория имеет большое значение для поддержания популяции косули – вида копытных , сильно страдающих от браконьерской охоты в Алтайском крае.
Пойменные леса Чарыша также особо ценный и нуждающийся в охране тип растительных сообществ – уникальный участок лавротополевых лесов, распространенных на больших высотах в горах Алтая, но здесь спустившихся почти на равнину.
На территории заказника запрещены любые виды хозяйственной деятельности, рекреационного и иного природопользования, которые влекут негативные последствия для сохранения и воспроизводства охотничих ресурсов , редких и исчезающих видов растений и животных, занесенных в Красную книгу Алтайского края, и мест их обитания, а также сохранения степных и лесных пойменных природных комплексов и их компонентов.
2. Комплексный памятник природы краевого значения «Озеро Монастырское» (утв. Постановлением Администрации края от 07.10.2015 №384). Памятник природы расположен в 100 м северо-западнее с.Коробейниково, в 2,4 км юго-восточнее с.Крестьянка Мамонтовского района. Общая площадь – 2427,18 га. К основным объектам охраны относятся: экосистема слабоминерализованного озера с окружающими его рогозово-тростниковыми зарослями, ивово-березовыми сограми, лугами различных степеней увлажнения и засоления, смешанным лесом и сосновым бором; краснокнижные виды растений и животных. Данный памятник обеспечит сохранение эталонных водно-болотных и лесных природных комплексов юго-западной части Барнаульского ленточного бора и воспроизводство редких и исчезающих видов растений и животных.
3. Комплексный памятник природы краевого значения «Озеро Харьковское и Сыропятовское» (утв. Постановлением Администрации Алтайского края № 316 от 14.09.2016 г.). Система из двух сильно вытянутых с юго-запада на северо-восток озер, окруженная болотными массивами, на границе Шипуновского и Мамонтовского районов, причем оз.Харьковское расположено в пределах обоих районов, а оз. Сыропятовское полностью в Мамонтовском. Объект находится в 4 км к северо-востоку от с. Крестьянка Мамонтовского района. Общая площадь 1701,74 га. Особой экологической ценностью обладает вся экосистема слабоминерализованных озер Харьковское и Сыропятовское с окружающими их рогозово- тростниковыми зарослями, сплавинами, ивово-березовыми сограми, лугами различных степеней увлажнения и засоления, смешанным лесом и сосновым бором.
4. В рамках реализации Схемы развития и размещения особо охраняемых природных территорий Алтайского края до 2025 года в 2019 году на территории района создан Комплексный памятника природы краевого значения «Озеро Займище» (утв. Постановлением Правительства Алтайского края №393 от 15.10.2019 г.).
Памятник природы площадью 364 га. расположен у села Нечунаево. Для территории характерен высокий уровень биологического разнообразия: здесь отмечены 281 вид растений, 92 вида птиц. Редкими видами, занесенными в Красную книгу РФ и Алтайского края являются пион степной, пчела плотник, черный аист, степной лунь, большая белая цапля, красноносый нырок и другие.
Памятник создан по инициативе жителей с. Нечунаево и п. Барчиха при поддержке Администрации района.
Кроме этого планируется организация ещё двух ООПТ:
1. Государственный природный комплексный заказник краевого значения "Чупинский бор";
2. Комплексный памятник природы краевого значения «Озеро Зеркальное и речка Волчиха».
Инспектор по охране окружающей среды и экологическому контролю В.И. Горшков 02.03. 2020 г.